現在、512MBプランはSSD 20GBの旧VPSとSSD 30GBの新VPSを併行運用中ですが、新VPSは旧VPSよりも明確にかなり遅いようです。
現在、ports/pkgでインストールしたものは、より新しいものが出たらその旨メールするようにしており、php73関係のportsが更新された旨メール通知されたため、新旧両VPSでmakeし直しましたが、xtermを2個使って新旧VPSにそれぞれログインし、新VPSでmakeを開始した後に旧VPSで同じもののmakeを開始しても旧VPSでのmakeが先に完了して、大分遅れて新VPSのmakeが終わります。新VPSは旧VPSのimageそのままで作っており、両者の差は新VPSのほうがSSDの空き容量が大きいのとswap spaceが大きいだけなのに明確に新VPSは遅いようです。新旧VPSのバックグランドで動作中のプログラムも全く同じです。（networkは使わない単純なコンパイル作業の比較で、新VPSが明確にかなり遅い。）
また新VPSも未だにIPv6はpath MTU discovery black hole問題を抱えたままという悲惨な状況です。
P.S. 自宅からssh -6で新VPSに接続できないのでpath MTU discovery black hole問題が解決していないのだろうと思っていたのですが、今、ping6でtcpdumpしてみたら新VPSはちゃんとfragmentしたまま届いていることが判りました。（旧VPSは依然としてfragmentしないまま。）なので、新VPSでssh -6で通信できないのは、path MTU discovery black hole問題ではないみたいです。今、ちょっと時間がないので、後で原因を探ってみます。
P.P.S. 調べてみましたが、sshでの接続確立シーケンス中に自宅のマシンが送ったackがVPSへ届かなくなり、その結果VPS側がtimeoutして切断してしまうのが原因です。最初、ちゃんとackが届いているのに、何故途中からackが届かなくなるのかは不明です。このackのパケットサイズは充分小さいので届かなくなる原因はパケットサイズではないと思います。conoha側の各所にsnifferを突っ込んで調べてみたいけど、そんなこと出来る訳ないし、現時点では手の出しようがないなぁ。